根据《专利法》和《专利审查指南》的规定， 在申请权发生转让时，如果转让方是中国公司或者个人，受让方是外国或者港澳台的公司或者个人，在提供转让证明的同时，国家知识产权局还要求申请人根据《技术进出口合同登记管理办法》提供《技术出口合同登记证书》。在实践中协助一些企业办理登记证书的过程中暴露出了一些问题，使得办理过程异常艰难。

1. 各地方办理《技术出口合同登记证书》对文件的具体要求不尽一致，使得一家公司在协调其分公司在多地办理该证书时，无法进行相对统一的安排和文件的准备。

2. 局限于全国商务系统的设置限制，办理一份《技术出口合同登记证书》最多只可以填写17个专利申请号。但实践中，经常会有涉及专利个数在17以上的协议，更有专利个数在50个以上的协议。对此地方主管部门只是简单粗暴地让申请人拆分合同。而拆分合同需要重新添加专利清单，并据此重新核算合同中如转让费、许可费等财务信息等。此种做法与交易双方实际的交易行为不符，只是为了满足地方主管部门的形式要求，严重地增加了申请人双方的负担，阻碍了双方交易的完成。故此种方法极其不合理。

3. 很多地方主管部门出具的《技术出口合同登记证书》不附专利号清单，这样的证书无法满足国家知识产权局的审查要求。国家知识产权局认为，没有附上盖有公章的专利清单的证书，不具有法律效率。地方主管部门不予在证书后附的专利清单上加盖公章的理由是，《技术进出口合同登记管理办法》中没有要求对此进行盖章，他们就不应对此加盖公章。两个职权部门的不统一，给申请人带来的直接危害就是，无法办理专利权人变更的官方登记，直接阻碍了知识产权的运用以及运营。

４．一些地方主管部门要求申请人在办理《技术出口合同登记证书》时提供账单。由于合同约定按照销售提成季度结算，无法提供总额帐单，所以申请人只能每个季度结算后都要到地方主管部门办理《技术出口合同登记证书》。这种备案程序显然缺乏合理性，账单不应该成为办证要件。

在国家科技创新驱动发展战略下，创造一个有利于知识产权实施和运用的环境尤为重要。单一法律规定和其他法律进行有效的衔接至关重要。如果这种衔接机制不合理，就会严重地阻碍相关产业的发展。上述《专利法》和对外贸易中的《技术进出口合同登记管理办法》在实际操作中不协调的地方，已经严重的影响了知识产权向实际生产力和实际效益的转化。笔者就具体案例不止一次地向国家知识产权局和一些地方主管部门进行咨询、探讨并提出中肯的建议，但是往往无功而返。还有一些协会机构，如LES，也曾帮忙组织相关人员进行讨论，并商议对策，但是也无法改变现状。故此，笔者呼吁相关政府部门、企业团体等通过各种渠道向更高一级的主管机关进行反应，及早解决两法之间不合理不协调的操作机制，促进知识产权的有效运用，更好地服务于广大创新实体，激励他们的创新热情。